После окончания в 1985 г. Военно-медицинской академии С.М.Кирова обучался в клинической ординатуре при кафедре общей терапии академии. С 1990 г, защитив кандидатскую диссертацию, работал в должности последовательно в должностях старшего ординатора, преподавателя, старшего преподавателя и доцента кафедры общей терапии №1.

В 2003 г. успешно защитил диссертацию на соискание учёной степени доктора медицинских наук по специальности 14.00.06 – кардиология.

В 2005 году ВАК РФ присвоено звание профессора по кафедре.

С июля 2003 года по март 2012 года - заместитель начальника кафедры военно-морской и госпитальной терапии.

В 2012 году в звании полковника медицинской службы закончил службу в Вооруженных Силах РФ. С 2014 года и по настоящее время – профессор по кафедре госпитальной терапии Санкт-Петербургского государственного университета.

С 2018 года – заведующий кафедрой общей врачебной практики и терапии ЧОУ ДПО «Институт профессиональной переподготовки международного медицинского центра «СОГАЗ», руководитель клиники атеросклероза и нарушений липидного обмена ГК ММЦ «СОГАЗ» (новое название Группа компаний «Мой медицинский центр»).

А.Е.Филиппов является членом правления Российского национального общества по изучению атеросклероза (НОА), членом Европейского общества атеросклероза, членом комитета экспертов НОА и рабочей группы по доказательной медицине в кардиопрофилактике РКО, заслуженный врач РФ